تتطوّر سلالة «فومون» الصغيرة والذكية بفعل تجارب نووية، ويكتشفها الدكتور يامادانو لكن العالم لا يصدّقه. مع اقتراب سحابة سوداء قاتلة تهدد الأرض، يجهّز الفومون للهروب في سفن فضائية ويخطفون الحيوانات معهم. يخالف روكوكو قومه ويساعد كينيتشي وآخرين لبناء سفينة تنقذ بعض البشر.